בנם של אסתר (לבית אלול) ודוד. נולד ביום ב' באלול תרפ"ז (30.8.1927) בקזבלנקה שבמרוקו. אח לשרלי
אחרי שהוריו התגרשו, מנישואים שניים של אביו נולדו אֶחיו למחצה רוזה ומוריס.
רפאל (רפי) גדל והתחנך בקזבלנקה. למד בבית ספר של "כל ישראל חברים" בעיר.
בשנת 1947, בהיותו בן עשרים, הגיע לארץ ישראל לבדו דרך אלג'יר וצרפת במטרה לסייע במאבק לעצמאות. הוא התגייס למחתרת האצ"ל (ארגון צבאי לאומי) ונלחם במלחמת העצמאות בחזית ירושלים במסגרת מח"ל (מתנדבי חוץ לארץ).
בחודש ספטמבר 1949, מעט לאחר תום המלחמה, סיים את שירותו בצה"ל ואחרי כשנתיים בארץ שב למרוקו, לקזבלנקה. נישא למרי אסולין, והחל לעבוד כמנהל חשבונות בחברה בריטית לשיווק מכונות, AETCO. בשנים הבאות נולדו לבני הזוג שלוש בנות – מיכל, ירדנה ויעל.
האהבה למדינת ישראל נצרבה בלבו של רפי, ובשנת 1955 היה מראשוני המגויסים לארגון "המסגרת" – שלוחה שהקים המוסד הישראלי במרוקו לטיפול ואחריות על כל הקשור בעלייה לישראל, מאמצי ההגנה העצמית של היהודים וריכוז פעולות תנועות הנוער הציוניות במדינה. זאת לאחר שמאז עצמאות מרוקו בשנת 1956 נאסרה עלייתם של יהודים מהמדינה לישראל, והם נאלצו לברוח בחשאי בנתיבים ימיים ויבשתיים.
כינויו המחתרתי היה – מישל. רפי עבר אימוני נשק במרוקו ובצרפת, הגיע להשתלמויות בישראל ב-1957 וב-1959 והיה לאחד מבכירי מפקדיה של שלוחת "לביא" בארגון, שנוסדה במטרה להגן על היהודים. לאורך שנות פעילותו המשיך לעבוד כמנהל חשבונות, ואת הלילות והשבתות הקדיש לפעילות המחתרתית. היה מעורב בארגון העלאתן לארץ של משפחות רבות, כולל שיחוד פקידים לצורך הנפקת דרכונים מזויפים, הכנת העזיבה החשאית וליווי האנשים במסע המסוכן. לכל פעולותיו הייתה שותפה רעייתו מרי – כרמלה בשמה המחתרתי.
על פעילותם סיפר לימים איציק דדון: "ומכאן הכול פעל כמרקחה, ואין מי שיעצור את רפאל וחבריו שפעלו בכל הערים במרוקו תחת שמות בדויים ובמקומות מסתור, ובדרכים מפותלות ומתוחכמות עשו הכול בכדי להעלות יהודים ממרוקו לארץ ישראל. אנשים אלו פעלו בשתי תתי-קבוצות נפרדות שזכו לשמות 'לביא' (הגנה) ו'מקהלה' (העפלה). וכך הימים חולפים ומתחת אפם של בעלי השלטון יוצאים יהודי מרוקו את המדינה. שם הקוד לכל העניין הזה היה מבצע 'יכין', על שם אחד מעמודי התווך שהיו בבית המקדש".
ב-11.1.1961 הסתיים בטרגדיה אחד ממבצעי ההברחה, כשהספינה "אגוז" שיצאה ממרוקו צללה במימי הים התיכון ועשרות העולים שעליה טבעו למוות. לאחר האסון הוחלט בארגון "המסגרת" על מבצע "בזק" – הפצת כרוז באלפי עותקים לכל יהודי מרוקו, בקריאה לדקת דומיה לזכר החללים ובדרישה להתרת עלייה לישראל. ההפצה בוצעה על ידי שלוחת "לביא", שרפי היה מראשיה.
בעקבות חלוקת הכרוזים התעורר זעם במשטר המרוקאי, והמשטרה החשאית עשתה מאמץ רב לעצור את המפיצים. רפי נעצר בסוף חודש ינואר 1961, נחקר בעינויים קשים אך לא הסגיר את שותפיו. עקב העינויים הידרדר מצבו, והוא הועבר לבית חולים בקזבלנקה.
ב־26 בפברואר 1961 הלך לעולמו מלך מרוקו מוחמד החמישי ולרגל הכתרת בנו חסן השני הוכרזה חנינה כללית במדינה. רעייתו של רפי פנתה דרך מכר למלך החדש, וניתן אישור להעבירו לטיפול בצרפת.
רפאל (רפי) וקנין אושפז בבית החולים על שם נקר בפריז, אך שם נפטר ביום י"ג בתמוז תשכ"א (27.6.1961) כתוצאה מנזק בכליות שגרמו לו העינויים בכלא. בן שלושים וארבע במותו.
רפי הותיר אישה ושלוש בנות: מיכל בת תשע, ירדנה בת חמש וחצי ויעל בת שנתיים וחצי. אשתו ובנותיו, שנותרו במרוקו כבנות ערובה בצאתו לצרפת, הורשו לצאת מהמדינה רק לאחר שנשלחה לשלטונות תעודת הפטירה שלו מפריז. המשפחה עלתה לישראל, בארץ הוכר רפי כהרוג מלכות. ארונו של רפי הועלה למדינת ישראל, וביולי 1961 הוא הובא למנוחות בטקס ממלכתי בבית העלמין בגבעת שאול, ירושלים. בהלווייתו השתתפו יו"ר הסוכנות היהודית משה שרת שספד לו, ראש המוסד איסר הראל וראש מחלקת העלייה והקליטה של הסוכנות ברוך דובדבני
בוויקיפדיה, אנציקלופדיית הרשת, פורסם ערך על רפי וקנין ובו תמונותיו וקורות חייו. על שמו נקראים רחובות בתל אביב ובהרצליה, גן ציבורי וכיכר בירושלים.