אגף השיקום במוסד לביטוח לאומי מפתח, מפעיל ומעניק שירותי שיקום מקצועי, הכוללים הכשרה מקצועית והשמה בעבודה, לזכאים שנפלטו משוק העבודה או שהם נעדרי ניסיון בתעסוקה, במטרה לשלבם בעבודה המתאימה לכישוריהם המקצועיים וליכולת התפקוד הנוכחית שלהם. האמצעי העיקרי בעבודת השיקום הוא הקשר האישי בין המשתקם לפקידי שיקום.
בשנת 2012 טיפלו עובדי השיקום ב-21,192 אנשים שהשתתפו בכ-44 אלף תוכניות שיקום שונות במטרה לשלבם בעבודה – 55% בהם השתתפו בתוכניות ייעודיות להכנה לעבודה בשוק החופשי. 80% מן המשתקמים שייכים לענף נכות כללית.
4,072 איש, שהם כ-74% מהאנשים שסיימו בהצלחה תוכנית שיקום ב-2012, הצליחו להשתלב בשוק העבודה החופשי (לא כולל מי שהטיפול בהם הופסק), וכ-12% נוספים סיימו תהליך הכשרה וחלקם צפויים להשתלב בעבודה בשנה הבאה.
לצד שיקום מקצועי, עובדי השיקום מספקים חוות דעת מקצועיות לאגפי הגמלאות בנושאים שונים (בשנת 2012 נכתבו כ-46 אלף חוות דעת שונות) ומסייעים לזכאים למצות זכויות שהם זכאים להן. בהיותם עובדים סוציאליים, עובדי השיקום גם מטפלים בנכים ואלמנות בשעת משבר (4,881 טופלו ב-2012 בכ-8,000 תוכניות כאלה).
הוצאות השיקום הסתכמו ב-2012 ב-206.6 מיליון ש"ח, כמחציתן שולמו בעבור שכר לימוד לזכאים וכ-30% בעבור דמי שיקום. כ-2/3 מהסכום שולמו לנכים השייכים לענף נכות כללית.