תוכנית "רעים" החלה לפעול במתנ"ס בירושלים בשנת 2002, כיוזמה מקומית של אם לצעירה עם בעיות בתקשורת חברתית שלמדה בילדותה בחינוך הרגיל. בסיועה של גב' רעיה מצא, מנחת אוכלוסיות מיוחדות במחוז ירושלים, התגבשה הקבוצה הראשונה של צעירים מעל גיל 18, שהיו שרויים בבידוד חברתי וסבלו מקשיי תקשורת וליקויי למידה. לאחר הפעלתה הראשונית והקמת שתי קבוצות בירושלים המחולקות לגילאים שונים, הוחל בתכנון תוכנית ארצית באמצעות המחלקה לנכים ואוכלוסיות מיוחדות בחברה למתנ"סים, בראשותו של מר אמנון רייכל.
המוסד לביטוח לאומי, באמצעות הקרן למפעלים מיוחדים, החל בתהליך הטיפול והאישור של התוכנית במהלך שנת 2003. התוכנית אושרה כמפעל מיוחד למשך שנתיים ויצאה לדרך החל בשנת 2004. בפועל, משך התוכנית כניסוי הוארך בשנה נוספת, ולפיכך היא פעלה עד סוף שנת 2007. לתוכנית חברו במימון ובחשיבה שותפים נוספים, כגון עמותת אשלים-ג'וינט, משרד הרווחה ומשרד החינוך. ועדת היגוי אשר ליוותה את הפעלת התוכנית כללה בנוסף גם את עמותת אפ"י ואת נציגי המשתתפים והמתנס"ים בתוכנית. התוכנית פעלה ב-11 מתנ"סים ברחבי הארץ.
התוכנית נועדה ליצור מסגרת חברתית תומכת לאנשים עם ליקויי למידה ובעיות בתקשורת חברתית, שבה הם גם ירכשו מיומנויות חברתיות. התוכנית סיפקה הכשרה מקצועית לצוות המדריכים של הקבוצות ובמסגרתה פעלו עשרות קבוצות ברחבי הארץ. הקבוצות פעלו במסגרת המתנס"ים המקומיים כמועדון חברתי וחבריהן נפגשו אחת לשבוע בשעות אחר הצהריים או הערב. הפעילות הייתה בדגש על פעילות פנאי וחברה, תוך לימוד ותרגול של מיומנויות חברתיות, כישורי חיים, פתרון קונפליקטים ועוד. למשתתפים בה הוצעו סדנאות ייחודיות בנושאים כגון מיניות ודימוי עצמי. כמו כן התקיימו מדי שנה פעילויות משותפות לכל הקבוצות בארץ, כגון טיולים ומסיבות סביב חגים ואירועים מיוחדים.
במהלך הפעלת התוכנית, פיתוחה והרחבתה התקיים תהליך מתמיד של לימוד והפקת לקחים. התוכנית עברה תהליכי הבניה ומיסוד והתמודדה עם בעיות שונות. מנהלים בתוכנית התחלפו והדבר השפיע בשנים הראשונות על קצב התפתחותה. בשל התמקדותה בחינוך הבלתי פורמאלי ובאוכלוסייה מיוחדת ומגוונת, גם בקרב צוות המדריכים חלו שינויים. הצוות המקצועי התמודד עם אתגרים רבים, כגון הפעלת קבוצות הטרוגניות, מענה לצרכים חדשים של החברים שעלו במהלך הפגישות, תוכני עבודה חדשים לקבוצות ותיקות ומענה לצורכי ההורים של חברים בתוכנית.
בתום הפעלה של שלוש שנים כתוכנית ניסיונית, אפשר לומר כי התוכנית הגבירה את המודעות לצורכי האוכלוסייה "בעלת הנכויות החרישיות". קבוצות של ילדים ובני נוער, של צעירים בשנות העשרים והשלושים ואף של אנשים עם רקע אקדמי, שהמשותף להם הוא הבידוד חברתי שהן חוות כפרטים, קשייהם בלמידה של קודים חברתיים והזדקקותן למסגרת ייחודית שתאפשר להן להשתלב כאנשים עצמאיים בחברה.