לצד המגמה לשילוב האדם עם הנכות בקהילה קיים עדיין צורך בקיום מוסדות פנימייה לאוכלוסיות שלא ניתן לשלבן בקהילה באופן מלא.
כיום שוהים במוסדות הפנימייה אלפי אנשים עם נכות קשה הזקוקים להשגחה, טיפול וסיוע בפעילות היום-יום. קיום מוסדות אלה מאפשר מתן טיפול מקצועי אינטנסיבי ומרוכז לאוכלוסיה זו.
מוסדות הפנימייה הקיימים מופעלים בתקציב ובפיקוח אגפי משרד הרווחה והשירותים החברתיים ומיועדים לילדים ובוגרים עם פיגור שכלי, נכויות פיזיות קשות, אוטיזם, ומוגבלויות נפשיות.
סיוע הקרן לפיתוח שירותים לנכים למוסדות אלה מאפשר תנאי דיור ומחיה מרווחים והולמים לדיירים על פי סטנדרטים מקובלים.
הסיוע ניתן למוסדות פנימייה קיימים המנוהלים על ידי עמותות וגופים ציבוריים, בתיאום עם משרד הרווחה.